1938

Арестованы Н.Н. Глебов, муж сестры Филонова Е.Н. Глебовой, П.Э. и А.Э. Серебряковы, сыновья жены Филонова. Пишет картину, на которой изображает рядом с осужденными пасынками И.В. Сталина (не сохранилась).

3 декабря 1941

Умер в блокадном Ленинграде от истощения. По ходатайству его учеников и с помощью Союза художников был похоронен в отдельной могиле на Серафимовском кладбище слева от входа в храм Св. Серафима Саровского (ныне ГРМ установлены стела с именем художника на его могиле и памятная доска на фасаде дома, где он жил и умер).